Το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών λειτουργεί αυτοδύναμα τέσσερα προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών ενώ συμμετέχει στη λειτουργία τεσσάρων άλλων διατμηματικών προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών.

Αυτοδύναμα στο Τμήμα λειτουργούν:

• Από το ακαδημαϊκό έτος 1995 - '96 πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών που οδηγεί στη λήψη διδακτορικού διπλώματος.
• Από το ακαδημαϊκό έτος 1998 - '99 δύο προγράμματα Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Ειδίκευσης που οδηγούν στην απόκτηση διπλώματος ειδίκευσης με τίτλους:
  • "Αειφόρος Σχεδιασμός Τεχνικών Έργων έναντι σεισμού και άλλων φυσικών κινδύνων" (Α.Σ.Τ.Ε.) και
  • "Προστασία περιβάλλοντος και βιώσιμη ανάπτυξη" (Π.Π.Β.Α.)
• Από το ακαδημαϊκό έτος 2006 - '07 λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Ειδίκευσης το οποίο έχει διάρκεια ενός πλήρους ακαδημαϊκού έτους και τίτλο:
  • “Διοίκηση και Διαχείριση Τεχνικών Έργων” (Δ.Δ.Τ.Ε.)
• Τα τέσσερα διατμηματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών στα οποία συμμετέχει το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών έχουν τους ακόλουθους τίτλους:
  
  • "Προστασία, συντήρηση και αποκατάσταση μνημείων πολιτισμού"
  • “Σχεδιασμός, οργάνωση και διαχείριση συστημάτων μεταφορών” (Σ.O.Δ.Σ.M.)
  • “Οικολογική ποιότητα και διαχείριση υδάτων σε επίπεδο λεκάνης απορροής”
  • “Δίκαιο και μηχανική της ενέργειας”